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設立後に本店所在地とは別の市区町村で事業を行う場合の均等割についてです。

複数の市区町村で事業をしている場合、事務所または事業所のある市区町村に申告納税します。
もちろん均等割も納付することになります。

法人設立時に事務所や店舗が決まっておらず
本店所在地を自宅住所にして登記している場合があると思います。
設立登記後に、本店所在地とは別の市区町村に事務所または事業所を設置した場合は
複数の事務所とみなされるのでしょうか？

本店所在地は登記上のみで、実際に事務所・事業所が別の市区町村にある場合は
事務所・事業所のある市区町村に納付することになります。

例えば、 法人設立日　9月1日　決算日　3月31日
本店所在地　Ａ市（登記上のみの本店）
事業所所在地　Ｂ市　
Ｂ市での事業開始日　1月1日

均等割は、9月1日から3月31日の7ヵ月となりますが、
Ａ市には4ヵ月分（9月1日から12月31日）
Ｂ市には3ヵ月分（1月1日から3月31日）納付することになります。

Ａ市は登記上の本店があるのみで、事務所または事業所が存在しないため
Ｂ市に事務所または事業所を設置した日以降の均等割はかかりません。

法人設立届を提出する際に、「本店は登記上のみ」である旨を記載します。
すでに「法人設立届」を提出している場合は、「法人変更届出書」を提出する必要がある場合があります。

市区町村によって手続が異なりますので
該当する場合は市区町村または税理士に問い合わせてみてはいかがでしょうか。